清除褐藻的有效手段是换水、清洁并过滤，同时采取一些生物上防御，同时一旦水草生长良好以后，一定要定期进行换水维护，才会减少褐藻的再次爆发。另外，还可以尝试将鱼缸搬至有阳光的区域晒一晒。
在晾晒期间可以不用大幅度的进行换水，一般老水长绿藻的几率会更大一点，如果发现缸内褐藻太多，就需要将褐藻擦掉，不然褐藻长太多，会很容易使水质出现变坏的现象。如果想要清理鱼缸里的绿藻，可以采用人工清理，也可以用除藻剂消灭，或者养一些食藻鱼等。
人工清理的话，需要先将鱼儿捞出，放掉缸里的水，用刮藻刀等工具将附着在缸壁上的藻类刮掉。生物清理的话，一般是养黑壳虾或螺类，让黑壳虾或螺类吃掉绿藻。除藻剂则选择戊二醛或硫酸铜，倒入鱼缸就行。
绿藻通常是清澈的绿色, 或是亮绿色, 有时它们也会呈海绵网状。它们对环境条件的需求与水草相似， 所以出现这种藻类也不必惊慌，它显示水族箱中的水质状况良好，只要动手或用适当工具就可以很轻易地将其移走。